Bakteriell vaginose går som regel over uten behandling. Dersom legen oppdager dette hos en kvinne med små plager, eller uten plager, anbefales ingen behandling. Det vil si at man avventer at kroppens eget immunforsvar skal helbrede tilstanden. Dersom det er plagsomt og vedvarende, kan behandling bli nødvendig. Man benytter da metronidazol tabletter eller lokalbehandling (eks. Flagyl). Dette er et antibiotikum som dreper denne typen bakterier (anaerobe bakterier). Du må unngå inntak av alkohol under behandlingen, fordi det kan utløse plagsomme bivirkninger. Behandlingseffekten kan være forbigående, ca. halvparten får tilbakefall innen ett år. Ny kur kan være aktuelt, eller man kan avvente at kroppen selv ordner opp. Behandling av partner anses ikke nødvendig, heller ikke ved tilbakefall.
Hos gravide er det vist at bakteriell vaginose medfører en liten økning av risiko for tidlig vannavgang eller fortidlig fødsel. Men undersøkelser som er utført viser at risikoen ikke avtar om man behandler i de to siste trimestrene. Dersom man skal behandle bør det med andre ord gjøres før svangerskapet, eller helt i starten. Utover dette ser det ikke ut til å være noen effekt på svangerskapet om infeksjonen behandles eller ikke. Men hos gravide som har plager anbefales behandling.
Selv om det ikke er påvist fosterskader av metronidazol-behandling, anbefales et annet antibiotikum, klindamycin (eks. Dalacin), dersom tilstanden skal behandles i svangerskap.